时间来到了莱昂大陆公元历20103年，这一年，又正值雅典学院建校三千周年的纪念，同时，也是在这一年，做了雅典学院五十年的老一代校长、真南伦，即将宣告退位；而将接替他的，是一位于十二年前神秘出现在了雅典学院的叫做千叶龙一的中年人。
对于千叶龙一，外人了解实在是太少，只知道这个中年男人，总是深居简出，而且也极少会与外人打交道。
没有人知道，在他的身上，过去究竟都是发生了什么样的事情，都只知道，他是在二十年余前的一个深夜，来到了雅典学院，出乎人意料的是，这个突如其来的闯入者，居然没有像过往的那些不速之客一般，遭到惨痛的人生教训，反而是被当时的雅典学院院长、真南伦，收为了关门弟子，这也成为了雅典学院众多“之谜”之一。
自然，当时的千叶龙一，还不是一个中年人，而是一个理当英气勃发的的青年人，而且据说当时很是狼狈，在暴风雨中，飘扬着就像是随时会被巨浪吞没的在暴风雨夜的大海中漂泊的一扁小舟一般；即便是如今，这个总是深居简出的中年人，即将要成为了闻名大陆的雅典学院的首脑，可他还是很低调的为人处事，身上仿佛总是笼罩着一层浓厚的雾气，使人觉得他神秘而莫测。
很少人见到过他的真面目，如果有一天，有一个人突然在公众面前宣布他见过此人，但却拿不出切实有效的证据，他只会被人嗤之以鼻。
雅典学院的传承仪式是很特殊的，一般而言，继承人都是由上一代的院长指定，当然这样子难免会产生一些不必要的恶化情况，如果继任者是一个好人，哪怕只是一个能力平庸之人，这也没什么，因为雅典学院内部，自有自己的一套管理体制，很多时候，院长只是起着一种象征的作用，形象远大于实质，可毕竟一院之长，更何况还是雅典学院如此院所的院长，这种事情可是万万马虎不得的。
在历史上，就曾经出现过一次，继任的院长，是一个品德十分败坏的家伙，在他的“带领下”，整个雅典学院几乎一团糟，而且那段时间，莱昂大陆也正处于四分五裂、战乱频仍的一段黑色时代，而据调查，这其中有不少部分的原因，都要当时的雅典学院来承担，也因此，这被认为是雅典学院校史上极不光彩的一笔，被认为是学院不可被随意提起的耻辱。
自那之后，雅典学院的制度改革，便正式提上了议程。
雅典学院最早是由谁所创立的，如今已经无从可考了，但有记载的第一任院长，据说是一位曾经名满天下的大诗人，名为荷马，而且，据可靠的推测，这荷马还是一个盲人，当时是被称之为吟游诗人。
当时的雅典学院，当然和如今这巍峨赫赫的高楼建筑群没法比，整个学院看起来，也不过就是几间再简陋不过的茅草屋搭盖，而且人员也是极少，只是这一段记载，都是来源于荷马本人的日记、《荷马史诗》中，其真实性值得商榷。
但能够确切知道的一点是，雅典学院真正开始像是一间“学院”，还是要从荷马之后的第二十九任院长开始，当时的院长，名叫柏拉图，据说他创办雅典学院，便是为了纪念先师苏格拉底，而之后，柏拉图的继任者、亚里士多德，拥有了一个十分值得人尊敬的身份——当时的莱昂大陆第一强国、同时也被誉为是千百年之中、最有可能统一整个大陆的马其顿帝国，其皇帝乃是亚历山大一世，而亚里士多德正是他的老师，深受其尊敬，连带着，雅典学院也被多施以恩泽。
但物极必反，事有所喜，则必有所忧。
亚历山大大帝惊才绝艳，可惜天妒英才，于二十四岁之时便被病魔夺去了生命，英年早逝的一代雄主，留下了一个庞大的、任何一个野心家都会觊觎的帝国，然而他却没有来得及为这个帝国指定一个继承人，这成为了莱昂大陆再次大乱的导火索，而在亚历山大南征北战的过程中，所招惹的敌人，也不在少数，亚历山大大帝已经作古，而且虽然他的帝国整日为争权夺利而内部摇摇欲坠，但对于整个大陆的其他大多势力，仍然属于一个庞然大物，于是这个时候，雅典学院便进入了这些有心报复者的视线，他们的动机很简单，只是因为亚里士多德是亚历山大的老师，而且雅典学院在亚历山大征途过程中，为其帝国输送了不少的精英人才，而反过来。这些精英人才对于亚历山大的扩张有着帮助，却也对这些报复者们造成了无可弥补的伤害。
而这一次，也是雅典学院校史上，最为惊险的一次，在众多报复者们的围攻下，雅典学院出现了许多的贤杰，前仆后继、保住了学院，这其中，最为光彩的，不啻于是被后世尊为“数学之神”的阿基米德、“兵圣”孙武、“绘画鬼才”达芬奇等等人物，他们也都被载入了史册。
这一次之后，因为亚里士多德的“错误”，雅典学院开始重新定位了方向，逐渐变得“与世隔绝”。
也因此，雅典学院也成为了一个战火所沾染不到的意外的大陆“圣地”。
不过这之后很长一段时间里，雅典学院因为与外界隔绝，内部交流少，学术研讨低下，地位变得一落千丈，幸而就在这时候，出现了一个同样是惊才绝艳的人物，莱昂大陆历史上第一个也是唯一一个“画圣”拉斐尔，他以他神一般曼妙的笔触，勾勒出了他心目中自己的母校雅典学院的模样，此画并被奉为经典，流传于世，据说后来流入了当今三大帝国之首、圣坦因帝国的皇室手中。
“画圣”的画笔，为雅典学院重新召唤了人气，但更重要的，还是雅典学院本身的魅力，同时雅典学院真正意义上开始完整的学院制度沿革，也是从这个时候开始的。