倒戈击破王恭之后，刘牢之以雷霆霹雳般的手段迅速招降收编了北府的各路人马，分遣使者传谕江北辖区内的郡县地方政府和守军。他仿佛有用不完的精力，连续两三天内在议事大厅内接见部将，发布号令。不论是从名义上，还是事实上，他很快就已经成为了北府的新主人。
不过，这个地位此时还不能说是十分牢固。牢之毕竟在不久前还只是一介部将，如今通过背叛上司的方式夺取大权，总有不少将士对其心怀不满。但由于牢之行动过于迅速，众将还来不及做出反应，形势就已经急转而下，不得不束手臣服。
正当牢之如疾风骤雨般完成善后事宜的同时，从西线战场上，突然传来了一个如雷霆般令人震撼的消息：桓玄、杨佺期的荆州军前锋在白石大破谯王尚之军，尚之弟弟司马恢之所部舟师遭到火攻，全军覆没，西线朝廷军队一夜之间陷入了半残状态，桓玄军挥师继进，如入无人之境般直逼石头城（注一）下。
倘若这个消息提前三天传来，东线的局势也许就不会是今天这个样子了。牢之反叛的成功几率将大大降低，北府诸将也必定不会轻易服从他的号令。由此看来，所谓的时机，实在是不能有毫厘的偏差啊！
为防御荆州军，一直坐镇竹里策反牢之的司马元显快马驰回建康，派遣丹阳尹王恺征发京邑士人百姓数万人前往石头城，暂时充当最后防线。同时向京口发布火急文书，令牢之立即来援。
“女婿，京口就交给你了！”
牢之对高雅之这样说，随即亲率万余兵马急行军赶往石头。雅之是位体格瘦小，四肢纤细的年轻人，虽然在战场上很少冲锋陷阵，但却有处理各种繁杂文务和管理营运的天赋。在武夫充斥的北府军中，是不可多得的统御人才。因此牢之特地将女儿许配给他，以笼络其成为自己的心腹。
由于无终的威望较高，牢之担心雅之驾驭不了他，于是也将无终的两千兵马编在军中，一同在石头以南的新亭驻扎下来。
行军途中，他们经过了建康城下的朱雀航（浮桥）。在桥上，悬挂着前任北府统帅王恭的首级。王恭在京口城下被刘敬宣打散之后，一度想渡江到广陵集结江北兵马，但长江已被何无忌舟师封锁。他又单骑逃往曲阿，由于不善骑乘，一路上把腿股磨得鲜血淋漓。有一位旧日僚属殷确将他用芦席藏在船中，划船前往投奔桓玄，但却在长塘湖被人告发，两人都被湖浦尉捕获。
由于相王道子想要当面折辱王恭，以雪昔日欺凌之恨，于是下令将王恭送往京师。元显听说之后，愤愤地说：“荆州军近在咫尺，如果半路劫走王恭怎么办！真是全无理智！”派人将王恭就地正法。
元显的使者截住王恭的囚车，是在江宁东南的倪塘，于是立刻行刑。临刑之前，王恭仍从容不迫的梳理鬓发和美须，口诵佛经，神色如常。
“我因为暗于信人，才落到今日的下场。追究我当初的本心，何尝有半点不忠于社稷！但愿千载之后，仍有人能知道有个王恭来世间走过一回！”
说完之后，这位以美貌、文才、风雅和高傲闻名于世的王孝伯引颈就戮。他的亲戚和同党也在同一天内被诛杀殆尽，唯有一个小儿子被忠心部下送往桓玄处，后来由桓玄抚养成人。
在抄没他的家产时，人们惊诧的发现，在这位晋国第一雄藩诸侯的家中，竟然找不到一件值钱的物事。唯一称得上财产的，只有满架成堆的书籍，竹简式的、纸张式的、布帛式的，如同书山书海。
王孝伯的遭遇，的确可以称得上是令人扼腕的悲剧。然而，以他的性格身处于这样的乱世，落得如此结局也似乎是不可避免的。在他死后，许多友方和敌方的人都为他流泪哀叹。但他们并不知道，同样的命运在不久之后也将落在他们自己的身上。
乱世方兴未艾。
由于牢之军的火速驰援，桓、杨联军一度失色，放弃石头城下的阵地，退往长江江心处的蔡洲岛列阵防守。两军均莫测对方虚实，谁也不敢轻易挑起战端。
就在这样的情势下，有一位身份特殊的人物应运登场，提出了解决时局的方案。
他名叫桓修，是桓温弟弟桓冲的一个儿子。由于桓温死后桓玄和兄长桓伟都寄养在桓冲家中，因此桓修与桓玄共同度过了童年和少年时代。另一方面，桓修又尚了晋简文帝的女儿武昌公主，可以说是在中央和荆州两方面都有一定地位的交际名人。这场战争开始之后，他以左卫将军的官衔追随谢琰一同防御孙无终、何澹之两军。东线战事结束后，他刚回到京师，立刻就向相王道子送上了一份报告：
“修知道西军的内情，只需一介说客便能使之瓦解。殷仲堪、桓玄等人一向依恃王恭的北府兵，王恭破灭，西军也为之沮恐。如今若以重利引诱桓玄和杨佺期，两人必定欣喜从命。单是桓玄就足以克制仲堪，再加上一个佺期，必能使仲堪束手就擒。”
这份报告并没有太大的独创性。司马元显引诱牢之的成功事例，应该是桓修的灵感来源。不过，在此时这一提案也不失为解决问题的一个好方法，于是道子便依计而行，不久即发布了一系列新的人事任免命令：
广州刺史桓玄，升迁为江州刺史；
雍州刺史郗恢，进京担任尚书，由南郡公杨佺期继任雍州；
左卫将军桓修，出任荆州刺史；
原荆州刺史殷仲堪，降黜为广州刺史。
然而，被升迁为荆州刺史的桓修却并不像道子想象中那样欣喜受命，反而惊慌失措地请道子收回对自己的任命。
“这真是咄咄怪事！”
道子不由心生疑惑。
其实，桓修之所以有这样的举动，是因为他内心深处存在着对堂弟桓玄的深深畏惧。桓玄寄居叔父桓冲家中时，由于其出众的文韬武略和霸气，常常有意无意的压迫其他堂兄弟。而桓冲因为桓玄是亡兄的遗儿，又特别宠爱他，在孩子们发生纠纷时，桓冲总是宁可委屈自己的骨肉，也要维护桓玄和桓伟两兄弟。
有这样一件事，当时桓家的孩子们都驯养斗鹅，互相比赛取乐。不知道为了什么原因，桓玄的鹅总是斗不过其他人的鹅，时常受到堂兄弟们的借机奚落。一天晚上，桓玄偷偷潜进鹅圈，杀掉了所有的鹅，第二天孩子们起床察看，无不大惊失色，不知道是谁下的毒手。桓冲得知之后，对亲信笑着说：“此必桓南郡为之。”对桓玄丝毫不加谴责。当时桓修等人所受的欺辱，可以从此事中窥豹一斑。
说来也真是奇怪，只因为童年时代的遭遇，桓修直到长大成人之后仍对桓玄抱着怨恨和恐惧。当然，这样的理由是难以向相王启齿的。最终他只好请求道子从北府军中抽调精兵千人，保卫他前往荆州赴任。
但是，就在桓修启程之前，西线的情况却又发生了变化，使得桓修的方案全盘失败，彻底打乱了朝廷方面的预定部署。
在得到降黜的诏书后，殷仲堪大发雷霆，催促桓、杨火速进军。但桓、杨两人乐于接受朝命，犹豫不决。仲堪得知之后，立刻从芜湖回军荆州，并派人向蔡洲诸军通报：
“汝辈不听本镇号令也无所谓。等本镇回到江陵，马上就把汝辈家小尽数诛杀！”
这样的危言，不禁让蔡洲将士个个心惊。不等两位主将做出决定，佺期麾下部将刘系已经率领两千人先行退走。桓、杨二人大为狼狈，不得不急行军追赶仲堪，终于在寻阳与之会师。
此时，这三人之间已经无复友谊，但利害关系却使得他们结成了更牢固的同盟。仲堪失去职位，又违抗诏令，不得不依仗桓、杨为援；而桓、杨也必须借助仲堪的庞大军势。于是三人在寻阳歃血为盟，以子弟交质，共同拒绝接受朝廷命令，连名上疏请求给王恭恢复名誉，诛杀谯王尚之和刘牢之，并申诉仲堪无罪，不应该独被降黜。
乍一看，这样苛刻的条件无论谁也不可能接受。但所谓的谈判，其实也正是漫天要价，坐地还钱。三人所要达到的目的也不过就是让仲堪复职而已，至于前两个条件，乃是特意开出以方便朝廷砍价的弃子。如此一来，双方都让了步，也都得到了彼此真正想要的东西，于是皆大欢喜。
新的诏令很快发布了下来，仲堪重又成为了荆州刺史，而倒霉的桓修则因此被御史中丞江绩弹劾“专为身计，贻误朝廷”而丢掉了官位。至此，这场大义凛然的“晋阳之甲”终于虎头蛇尾的落下了帷幕。
在隆安二年（３９７）十月接近尾声的日子里，牢之军从新亭撤兵返回京口。
这一天，江边吹着强劲的风，万里无云，就连太阳也失去了光芒，黯淡得如同一颗悬空的白珠。放眼望去，仿佛天地间的一切都放着冷冷的寒光。
刘裕立马高坡，翘首凝望着这幅悲壮的天地画卷。在画卷之间，有着数以千计的士兵如同蚂蚁般蠕动着。他们拔去栅栏，卷起帐篷，搬运着粮秣和辎重，忙忙碌碌。所过之处，留下一片狼籍，犹如被台风袭击过的白地。
这三个月来发生的一切，何尝不是一场席卷整个晋国的强台风啊！仅仅几十天内，天下形势已经发生了巨大的变化。昔日纷争不休的帝党和相党，在这一场台风过后都已趋于消亡。而蓬勃兴起的，是桓玄、司马元显、刘牢之、杨佺期这些新锐的、或是由寒微之中拔地而起的新兴势力。日后在晋国这片广大的土地上，还将会演出更大、更复杂、更混乱的时代戏剧吧！
想到从军以来这两三年的遭遇，刘裕不禁感到自己的存在是多么的渺小和微不足道。在大动乱的浪潮中，他就像一叶随波逐流的轻舟，在惊涛骇浪间浮沉不休。就算他有冲天之志，也受限于低微的身份而无法施展抱负。
这个念头让他忍不住怅然泪下。
就在这时，从他背后传来了招呼声：
“刘司马，该启程了！”
“是的。”
刘裕迅速用手背抹去眼泪，回马前行。
望着前方如巨龙般蜿蜒行进的赤色旌旗，他的心胸中重又升腾起了无以言状的兴奋和对未来的期望。在马背上挺直脊梁，他的嘴角边荡漾起追寻梦想时特有的微笑。
“总有一天，我——”
年轻的北府司马扬鞭策马，渐渐融入了赤色巨龙的躯体，再也无法看清他现在身在何方了。
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